造成食品包装不合格的主要因素有两个：一是选用原材料不当；一些正规企业采用的是进口或国内大型原料生产厂生产的原材料，符合国家食品包装用原材料标准要求。但是一些小的企业（如家庭作坊式企业）选用原材料不当，并不是因企业疏忽所致，而是一些企业为了降低成本，追求经济利益，人为的降低原材料的等级，在生产中没有按照国家标准的各项要求严格控制产品质量，使用不符合标准要求的原材料、助剂和添加剂，甚至使用工业级原料、回收再生材料加工生产，造成产品的卫生指标中的蒸发残渣、重金属以及产品脱色等有害物质严重超标。另外，不合格产品大部分太薄、太软或太重等，造成使用性能如负重、强度等不合格，出现渗漏小现象。
二是随意加入添加剂和助剂。塑料加工一定要经过加热才能完成，而塑料在受热时存在着裂解、氧化、降解、变质等问题，因此，在用树脂加工成塑料容器或薄膜时，一般都要加入抗氧化剂、热稳定剂等助剂。有些膜还要求抗静电、防结雾、高爽滑等，都需要加入相应助剂。企业在生产时选用助剂，一定要严格按照国家强制性标准GB9685-2003《食品容器、包装材料用助剂使用卫生标准》的要求进行选用。如果所用助剂不在标准范围内，必须按照GB15139《食品安全性毒理学评价程序》进行毒理试验，证明无毒才可使用。
产品标准的缺失也是造成食品包装问题的原因，如一些企业生产的塑料一次性餐饮具执行的GB9688-1988《食品包装用聚丙烯成型品卫生标准》是卫生标准，其中不含产品的使用性能指标，因而无法进行全面的检测，不能对产品的整体质量做出评价。另外PVC保鲜膜已在市场大量使用，但是也没有国家或行业标准，只有GB9681-1988《食品包装用聚氯乙烯成型品卫生标准》，给该类产品的生产应用带来了许多问题。
